[Hub]/) : Traits : Standing height : ← →

chr3:122,223,182-123,860,565

Best TWAS P=2.11e-12 · Best GWAS P=8.01e-13 conditioned to 4.08e-10

Associated models

#	Study	Tissue	Gene	h2	eQTL R2	model	# weights	model R2	model R2 P	eQTL GWAS Z	TWAS Z	TWAS P	Top SNP corr	PP3	PP4	joint
1	GTEx	Adipose Subcutaneous	SEC22A	0.23	0.24	lasso	7	0.28	1.3e-22	6.46	-5.3	1.2e-07	0.05	0.13	0.87	FALSE
2	GTEx	Adipose Visceral Omentum	SEC22A	0.19	0.16	lasso	5	0.17	3.2e-09	6.50	-5.5	5.0e-08	0.08	0.15	0.85	FALSE
3	GTEx	Artery Aorta	SEC22A	0.35	0.28	lasso	5	0.32	3.2e-18	5.81	-5.3	1.2e-07	0.07	0.13	0.87	FALSE
4	GTEx	Artery Coronary	SEC22A	0.24	0.13	lasso	5	0.09	5.5e-04	6.46	-6.5	1.0e-10	0.16	0.12	0.82	FALSE
5	GTEx	Artery Tibial	SEC22A	0.31	0.34	lasso	8	0.33	7.4e-27	6.46	-6.5	7.8e-11	0.15	0.13	0.87	FALSE
6	GTEx	Artery Tibial	ADCY5	0.17	0.03	lasso	6	0.04	8.9e-04	5.63	-6.3	3.0e-10	0.36	0.82	0.16	FALSE
7	GTEx	Artery Tibial	RP11-797D24.4	0.20	0.03	lasso	5	0.05	9.4e-05	5.63	-6.3	2.6e-10	0.37	0.59	0.40	FALSE
8	GTEx	Brain Cerebellar Hemisphere	SEC22A	0.35	0.20	enet	31	0.26	1.9e-07	6.45	-6.3	3.4e-10	0.17	0.14	0.82	FALSE
9	GTEx	Brain Cerebellum	SEC22A	0.25	0.16	enet	29	0.17	1.3e-05	6.50	-6.4	2.0e-10	0.14	0.13	0.86	FALSE
10	GTEx	Breast Mammary Tissue	SEC22A	0.34	0.30	lasso	5	0.35	1.2e-18	6.48	-5.5	4.8e-08	0.06	0.13	0.87	FALSE
11	GTEx	Cells EBV-transformed lymphocytes	SEC22A	0.37	0.29	lasso	17	0.30	1.5e-10	6.49	-6.4	2.0e-10	0.15	0.13	0.87	FALSE
12	GTEx	Colon Sigmoid	SEC22A	0.16	0.12	lasso	3	0.11	1.2e-04	6.48	-6.6	4.3e-11	0.14	0.11	0.71	FALSE
13	GTEx	Colon Transverse	SEC22A	0.18	0.11	enet	19	0.14	2.8e-07	6.48	-6.5	9.1e-11	0.18	0.14	0.86	FALSE
14	GTEx	Esophagus Gastroesophageal Junction	SEC22A	0.22	0.10	enet	22	0.17	8.7e-07	6.46	-5.8	5.1e-09	0.11	0.13	0.83	FALSE
15	GTEx	Esophagus Mucosa	SEC22A	0.22	0.31	lasso	17	0.30	1.3e-20	6.47	-6.7	2.9e-11	0.16	0.13	0.87	FALSE
16	GTEx	Esophagus Muscularis	SEC22A	0.25	0.21	lasso	6	0.17	9.6e-11	6.48	-6.3	2.3e-10	0.11	0.13	0.87	FALSE
17	GTEx	Heart Left Ventricle	SEC22A	0.11	0.09	lasso	5	0.08	7.0e-05	6.46	-6.5	1.0e-10	0.15	0.13	0.85	FALSE
18	GTEx	Liver	SEC22A	0.21	-0.01	lasso	5	0.00	2.3e-01	6.45	-7.0	2.1e-12	0.14	0.07	0.36	TRUE
19	GTEx	Lung	SEC22A	0.22	0.24	lasso	4	0.26	6.8e-20	6.50	-5.6	1.9e-08	0.08	0.13	0.87	FALSE
20	GTEx	Lung	RP11-797D24.4	0.08	0.01	enet	10	0.03	4.1e-03	5.73	-6.7	2.7e-11	0.50	0.24	0.45	FALSE
21	GTEx	Muscle Skeletal	SEC22A	0.09	0.04	lasso	6	0.04	5.2e-05	6.48	-5.5	2.8e-08	0.07	0.14	0.86	FALSE
22	GTEx	Nerve Tibial	SEC22A	0.30	0.27	lasso	11	0.30	1.1e-21	6.46	-5.6	2.5e-08	0.06	0.13	0.87	FALSE
23	GTEx	Ovary	SEC22A	0.21	0.02	lasso	12	0.02	8.2e-02	6.46	-6.5	1.0e-10	0.14	0.09	0.50	FALSE
24	GTEx	Pancreas	SEC22A	0.19	0.18	enet	41	0.20	6.8e-09	6.46	-5.5	4.8e-08	0.16	0.13	0.87	FALSE
25	GTEx	Prostate	SEC22A	0.26	0.22	lasso	3	0.19	1.5e-05	6.45	-6.3	2.1e-10	0.16	0.12	0.71	FALSE
26	GTEx	Skin Not Sun Exposed Suprapubic	SEC22A	0.17	0.23	enet	14	0.25	1.0e-13	6.46	-6.1	1.0e-09	0.13	0.13	0.87	FALSE
27	GTEx	Skin Sun Exposed Lower leg	SEC22A	0.22	0.22	enet	25	0.23	3.3e-19	6.46	-6.4	1.4e-10	0.10	0.13	0.87	FALSE
28	GTEx	Spleen	SEC22A	0.33	0.27	lasso	7	0.22	2.4e-06	6.46	-6.2	7.8e-10	0.12	0.13	0.86	FALSE
29	GTEx	Stomach	SEC22A	0.14	0.07	enet	24	0.04	4.7e-03	6.47	-6.7	2.7e-11	0.16	0.13	0.84	FALSE
30	GTEx	Testis	SEC22A	0.32	0.38	enet	31	0.39	2.7e-18	6.46	-5.9	3.8e-09	0.09	0.13	0.87	FALSE
31	GTEx	Thyroid	SEC22A	0.17	0.20	enet	13	0.20	3.7e-15	6.48	-6.5	6.4e-11	0.15	0.13	0.87	FALSE
32	GTEx	Uterus	SEC22A	0.33	0.17	lasso	5	0.10	3.9e-03	6.46	-6.5	7.7e-11	0.16	0.09	0.47	FALSE
33	The Cancer Genome Atlas	Breast Invasive Carcinoma	SEC22A	0.01	0.01	blup	76	0.01	2.4e-02	6.51	-6.7	1.7e-11	0.18	0.10	0.77	FALSE
34	The Cancer Genome Atlas	Cervical Squamous Cell Carcinoma	SEC22A	0.08	0.04	blup	76	0.03	1.5e-02	5.92	-5.3	1.1e-07	0.09	0.06	0.24	FALSE
35	The Cancer Genome Atlas	Kidney Renal Clear Cell Carcinoma	SEC22A	0.03	0.05	lasso	2	0.03	9.3e-05	5.88	-6.3	3.7e-10	0.19	0.20	0.74	FALSE
36	The Cancer Genome Atlas	Lung Adenocarcinoma	SEC22A	0.03	0.01	blup	76	0.02	3.1e-03	6.46	-5.4	6.7e-08	0.06	0.12	0.79	FALSE
37	The Cancer Genome Atlas	Lung Squamous Cell Carcinoma	SEC22A	0.02	0.00	blup	76	0.01	3.2e-02	5.81	-5.7	1.5e-08	0.09	0.09	0.63	FALSE
38	The Cancer Genome Atlas	Prostate Adenocarcinoma	SEC22A	0.04	0.01	blup	76	0.04	2.1e-05	-4.56	-6.8	1.1e-11	0.27	0.14	0.82	FALSE
39	The Cancer Genome Atlas	Soft Tissue Sarcoma	SEC22A	0.07	0.02	blup	76	0.02	2.1e-02	-0.44	-5.4	7.5e-08	0.07	0.03	0.39	FALSE
40	The Cancer Genome Atlas	Thyroid Carcinoma	SEC22A	0.04	0.04	blup	76	0.03	5.1e-04	5.62	-5.8	6.4e-09	0.10	0.19	0.75	FALSE