[Hub]/) : Traits : Sitting height :

chr1:182,298,784-184,739,300

Best TWAS P=1.11e-33 · Best GWAS P=1.12e-34 conditioned to 1

Associated models

# Study Tissue Gene h2 eQTL R2 model # weights model R2 model R2 P eQTL GWAS Z TWAS Z TWAS P Top SNP corr PP3 PP4 joint
1 CommonMind Brain Pre-frontal Cortex TSEN15 0.23 0.18 lasso 9 0.18 4.7e-21 12.3 12.1 1.1e-33 0.99 0.00 1.00 TRUE
2 GTEx Adipose Subcutaneous RP11-181K3.4 0.09 0.11 enet 9 0.09 6.7e-08 8.3 8.3 9.2e-17 0.06 0.29 0.71 FALSE
3 GTEx Adipose Visceral Omentum RP11-181K3.4 0.13 0.06 lasso 3 0.14 8.3e-08 8.3 8.3 1.4e-16 0.07 0.08 0.92 FALSE
4 GTEx Artery Aorta RP11-181K3.4 0.17 0.01 enet 16 0.02 2.3e-02 8.3 8.5 2.3e-17 0.09 0.09 0.88 FALSE
5 GTEx Artery Tibial LAMC1 0.10 0.10 lasso 5 0.10 2.2e-08 8.3 -8.4 2.8e-17 -0.06 0.11 0.88 FALSE
6 GTEx Artery Tibial TSEN15 0.10 0.07 lasso 5 0.05 6.3e-05 -6.7 -5.5 4.9e-08 -0.10 0.57 0.06 FALSE
7 GTEx Artery Tibial RP11-181K3.4 0.07 0.07 lasso 15 0.05 1.1e-04 8.3 8.9 3.4e-19 0.09 0.20 0.78 TRUE
8 GTEx Brain Cerebellar Hemisphere LAMC1 0.50 0.16 enet 13 0.13 3.8e-04 8.8 8.6 1.2e-17 0.06 0.06 0.92 FALSE
9 GTEx Brain Cerebellar Hemisphere TSEN15 0.38 0.08 lasso 13 0.16 5.3e-05 12.3 10.6 2.1e-26 0.90 0.01 0.98 FALSE
10 GTEx Brain Cerebellum LAMC1 0.27 0.36 enet 29 0.29 3.5e-09 8.7 8.4 3.1e-17 0.02 0.05 0.95 FALSE
11 GTEx Brain Cerebellum COLGALT2 0.49 0.05 lasso 8 0.10 9.2e-04 7.8 -9.4 4.9e-21 -0.39 0.09 0.28 FALSE
12 GTEx Brain Frontal Cortex BA9 LAMC2 0.20 0.05 lasso 5 0.10 1.0e-03 -6.0 -5.7 1.6e-08 0.05 0.09 0.81 FALSE
13 GTEx Cells EBV-transformed lymphocytes RP11-181K3.4 0.15 0.03 enet 30 0.06 3.8e-03 8.3 5.8 7.4e-09 0.04 0.04 0.85 FALSE
14 GTEx Cells Transformed fibroblasts RP11-181K3.4 0.05 0.01 lasso 2 0.01 1.2e-01 -6.0 6.0 2.2e-09 -0.01 0.06 0.59 FALSE
15 GTEx Colon Transverse TSEN15 0.17 0.05 enet 18 0.06 7.2e-04 5.9 7.2 8.7e-13 0.73 0.07 0.88 FALSE
16 GTEx Esophagus Mucosa LAMC1 0.17 0.01 enet 40 0.07 2.8e-05 -7.0 -7.0 2.4e-12 -0.03 0.06 0.88 FALSE
17 GTEx Esophagus Mucosa TSEN15 0.08 0.07 lasso 2 0.05 2.6e-04 -6.8 -6.9 7.0e-12 -0.21 0.66 0.01 TRUE
18 GTEx Esophagus Muscularis LAMC1 0.11 0.08 enet 9 0.03 4.4e-03 8.7 -8.8 9.1e-19 -0.05 0.03 0.96 FALSE
19 GTEx Esophagus Muscularis RP11-181K3.4 0.05 0.09 lasso 1 0.07 3.9e-05 8.6 8.6 6.4e-18 0.06 0.07 0.91 FALSE
20 GTEx Lung LAMC1 0.18 0.20 enet 33 0.19 2.3e-14 8.6 -8.6 1.1e-17 -0.07 0.10 0.90 FALSE
21 GTEx Lung COLGALT2 0.15 0.02 enet 15 0.08 1.5e-06 5.5 -6.9 4.4e-12 -0.25 0.29 0.19 FALSE
22 GTEx Nerve Tibial LAMC1 0.07 0.08 enet 30 0.05 1.1e-04 8.8 8.4 3.8e-17 0.10 0.08 0.92 FALSE
23 GTEx Nerve Tibial RP11-181K3.4 0.18 0.24 enet 30 0.24 2.9e-17 8.6 8.7 3.6e-18 0.06 0.09 0.91 FALSE
24 GTEx Testis RP11-181K3.4 0.10 0.09 enet 29 0.05 2.2e-03 8.6 7.6 3.4e-14 0.08 0.06 0.78 FALSE
25 GTEx Thyroid RP11-181K3.4 0.12 0.07 lasso 4 0.05 5.7e-05 8.3 8.4 3.2e-17 0.07 0.12 0.87 FALSE
26 GTEx Whole Blood LAMC1 0.08 0.05 enet 21 0.04 1.0e-04 8.3 8.2 3.7e-16 0.06 0.05 0.94 FALSE
27 METSIM Adipose TSEN15 0.06 0.02 enet 28 0.04 1.3e-06 12.3 11.3 7.6e-30 0.81 0.00 1.00 FALSE
28 NTR Blood LAMC1 0.05 0.07 lasso 11 0.07 3.7e-21 -6.3 7.4 1.8e-13 -0.03 0.60 0.40 FALSE
29 YFS Blood LAMC1 0.10 0.17 lasso 21 0.17 2.7e-52 -6.3 7.3 3.6e-13 -0.03 1.00 0.00 FALSE
30 The Cancer Genome Atlas Colon Adenocarcinoma GLT25D2 0.10 0.05 lasso 2 0.04 3.9e-03 5.3 -5.3 1.4e-07 -0.12 0.17 0.05 FALSE
31 The Cancer Genome Atlas Head and Neck Squamous Cell Carcinoma GLT25D2 0.05 0.01 enet 10 0.04 6.3e-05 5.3 -11.3 1.8e-29 -0.59 0.03 0.75 FALSE
32 The Cancer Genome Atlas Kidney Renal Clear Cell Carcinoma GLT25D2 0.11 0.02 blup 119 0.05 5.1e-06 -2.4 -8.2 2.2e-16 -0.54 0.13 0.37 FALSE
33 The Cancer Genome Atlas Kidney Renal Clear Cell Carcinoma LAMC1 0.04 0.03 blup 108 0.04 1.2e-05 8.6 -8.2 3.4e-16 -0.07 0.07 0.92 FALSE
34 The Cancer Genome Atlas Brain Lower Grade Glioma GLT25D2 0.15 0.10 enet 12 0.11 4.5e-12 5.5 -7.1 9.4e-13 0.03 1.00 0.00 TRUE
35 The Cancer Genome Atlas Brain Lower Grade Glioma TSEN15 0.11 0.08 blup 52 0.10 6.7e-12 12.3 9.8 6.6e-23 0.84 0.00 1.00 FALSE
36 The Cancer Genome Atlas Lung Adenocarcinoma GLT25D2 0.06 0.04 lasso 1 0.03 1.7e-04 5.3 -5.3 1.1e-07 -0.12 0.21 0.04 FALSE
37 The Cancer Genome Atlas Thyroid Carcinoma GLT25D2 0.09 0.00 blup 119 0.04 5.4e-05 1.7 -6.1 1.1e-09 -0.34 0.04 0.17 FALSE
38 The Cancer Genome Atlas Thyroid Carcinoma LAMC1 0.06 0.04 blup 109 0.05 1.3e-05 8.3 -8.2 2.7e-16 -0.10 0.07 0.93 FALSE