[Hub]/) : Traits : Intelligence (Savage-Jansen 2018) : ← →

chr20:46,551,079-48,591,758

Best TWAS P=1.31e-21 · Best GWAS P=7.3e-17 conditioned to 0.508

Associated models

#	Study	Tissue	Gene	h2	eQTL R2	model	# weights	model R2	model R2 P	eQTL GWAS Z	TWAS Z	TWAS P	Top SNP corr	PP3	PP4	joint
1	CommonMind	Brain Pre-frontal Cortex	CSE1L	0.08	0.07	bslmm	503	0.05	1.7e-06	-7.8	-9.0	2.9e-19	0.91	0.03	0.97	FALSE
2	CommonMind	Brain Pre-frontal Cortex	DDX27	0.04	0.04	enet	11	0.07	7.3e-09	-7.2	5.7	1.5e-08	-0.82	0.03	0.97	FALSE
3	CommonMind	Brain Pre-frontal Cortex	STAU1	0.09	0.00	bslmm	500	0.01	8.7e-03	-7.1	-6.3	3.3e-10	0.51	0.05	0.82	FALSE
4	GTEx	Adipose Subcutaneous	ARFGEF2	0.10	0.07	lasso	3	0.06	1.1e-05	-8.3	-8.2	3.4e-16	0.97	0.02	0.98	FALSE
5	GTEx	Adipose Subcutaneous	CSE1L	0.15	0.15	lasso	4	0.15	2.4e-12	-8.1	-8.1	8.5e-16	0.97	0.03	0.97	FALSE
6	GTEx	Adipose Visceral Omentum	CSE1L	0.13	0.02	enet	19	0.05	2.1e-03	-7.7	-5.7	1.2e-08	0.71	0.04	0.84	FALSE
7	GTEx	Artery Aorta	CSE1L	0.12	0.18	lasso	4	0.16	2.9e-09	-7.8	-7.4	1.1e-13	0.95	0.03	0.97	FALSE
8	GTEx	Artery Tibial	CSE1L	0.12	0.03	lasso	6	0.04	3.8e-04	-8.2	-9.0	2.3e-19	0.94	0.03	0.97	FALSE
9	GTEx	Cells Transformed fibroblasts	STAU1	0.08	0.03	lasso	6	0.02	2.3e-02	7.8	7.9	2.2e-15	-0.50	0.10	0.72	FALSE
10	GTEx	Colon Sigmoid	ARFGEF2	0.15	0.12	lasso	1	0.07	2.3e-03	7.4	-7.4	1.9e-13	0.69	0.09	0.36	FALSE
11	GTEx	Colon Sigmoid	CSE1L	0.18	0.12	lasso	11	0.09	4.4e-04	8.3	-8.3	8.5e-17	0.56	0.03	0.96	FALSE
12	GTEx	Colon Transverse	ARFGEF2	0.11	0.07	enet	12	0.09	2.9e-05	-8.2	-8.9	8.2e-19	0.88	0.03	0.95	FALSE
13	GTEx	Colon Transverse	CSE1L	0.17	0.01	enet	19	0.03	1.2e-02	6.7	-7.3	3.2e-13	0.56	0.14	0.38	FALSE
14	GTEx	Esophagus Gastroesophageal Junction	CSE1L	0.17	0.07	lasso	5	0.07	1.6e-03	-8.2	-8.1	4.5e-16	0.90	0.04	0.90	FALSE
15	GTEx	Esophagus Mucosa	CSE1L	0.09	0.06	lasso	4	0.06	6.9e-05	7.9	-8.6	6.8e-18	0.70	0.05	0.93	FALSE
16	GTEx	Esophagus Muscularis	CSE1L	0.16	0.14	enet	22	0.12	5.1e-08	-8.2	-7.8	6.7e-15	0.91	0.02	0.98	FALSE
17	GTEx	Heart Atrial Appendage	CSE1L	0.09	0.07	lasso	5	0.06	9.1e-04	-8.2	-7.7	1.9e-14	0.97	0.03	0.96	FALSE
18	GTEx	Lung	CSE1L	0.10	0.09	lasso	5	0.08	6.6e-07	7.9	-8.7	2.8e-18	0.61	0.06	0.94	FALSE
19	GTEx	Muscle Skeletal	PREX1	0.14	0.09	enet	23	0.13	2.5e-12	7.2	6.5	8.5e-11	-0.20	0.98	0.02	TRUE
20	GTEx	Muscle Skeletal	CSE1L	0.18	0.19	lasso	9	0.20	4.6e-19	-8.3	-7.4	1.4e-13	0.97	0.02	0.98	FALSE
21	GTEx	Nerve Tibial	CSE1L	0.12	0.01	lasso	10	0.03	5.7e-03	-8.2	-8.5	2.5e-17	0.85	0.04	0.84	FALSE
22	GTEx	Skin Sun Exposed Lower leg	CSE1L	0.08	0.03	lasso	2	0.03	9.5e-04	7.9	-8.5	1.6e-17	0.66	0.05	0.91	FALSE
23	GTEx	Testis	ARFGEF2	0.20	0.20	lasso	7	0.24	5.4e-11	7.8	-7.8	4.6e-15	0.49	0.08	0.92	FALSE
24	GTEx	Thyroid	CSE1L	0.20	0.21	enet	15	0.20	2.3e-15	-7.8	-8.2	3.0e-16	0.99	0.03	0.97	FALSE
25	METSIM	Adipose	ARFGEF2	0.04	0.03	lasso	12	0.02	9.8e-05	6.8	-6.7	2.1e-11	0.44	0.13	0.85	FALSE
26	METSIM	Adipose	CSE1L	0.05	0.05	lasso	4	0.04	5.3e-07	-8.2	-8.7	2.5e-18	0.98	0.03	0.97	FALSE
27	NTR	Blood	SNORD12B	0.03	0.05	lasso	8	0.05	1.9e-14	6.2	-6.7	2.1e-11	0.46	1.00	0.00	FALSE
28	ROSMAP	Brain Pre-frontal Cortex	CSE1L	0.04	0.02	enet	16	0.02	2.8e-03	7.4	-8.3	7.3e-17	0.80	0.07	0.92	FALSE
29	YFS	Blood	CSE1L	0.06	0.05	enet	21	0.06	2.0e-19	-8.2	-9.6	1.3e-21	0.87	0.02	0.98	TRUE
30	The Cancer Genome Atlas	Glioblastoma Multiforme	CSE1L	0.15	0.06	lasso	3	0.07	4.4e-03	-8.1	-8.2	2.9e-16	0.97	0.01	0.56	FALSE
31	The Cancer Genome Atlas	Head and Neck Squamous Cell Carcinoma	CSE1L	0.03	0.05	lasso	1	0.03	9.3e-05	7.8	-7.8	5.9e-15	0.49	0.03	0.96	FALSE
32	The Cancer Genome Atlas	Kidney Renal Clear Cell Carcinoma	CSE1L	0.05	0.07	blup	50	0.07	3.2e-08	8.3	-9.0	1.7e-19	0.70	0.02	0.98	FALSE
33	The Cancer Genome Atlas	Brain Lower Grade Glioma	ARFGEF2	0.05	0.04	lasso	5	0.05	3.2e-06	6.9	-7.7	1.7e-14	0.48	0.12	0.87	FALSE
34	The Cancer Genome Atlas	Brain Lower Grade Glioma	CSE1L	0.05	0.06	lasso	3	0.05	1.0e-06	-8.1	-8.3	1.1e-16	0.98	0.02	0.98	FALSE
35	The Cancer Genome Atlas	Ovarian Serous Cystadenocarcinoma	C20orf199	0.05	0.06	lasso	4	0.06	1.0e-04	6.2	6.2	6.5e-10	-0.42	0.10	0.33	FALSE
36	The Cancer Genome Atlas	Prostate Adenocarcinoma	CSE1L	0.05	0.05	lasso	3	0.06	8.1e-07	-7.8	-7.9	2.1e-15	0.98	0.02	0.98	FALSE
37	The Cancer Genome Atlas	Thyroid Carcinoma	CSE1L	0.12	0.20	lasso	2	0.19	7.1e-18	-8.3	-8.2	1.6e-16	0.99	0.01	0.99	FALSE
38	The Cancer Genome Atlas	Thyroid Carcinoma	DDX27	0.08	0.05	lasso	3	0.05	1.9e-05	6.2	7.7	1.5e-14	-0.70	0.26	0.54	FALSE