[Hub]/) : Traits : Impedance of leg (right) : ← →

chr1:109,154,974-110,931,112

Best TWAS P=1.34e-17 · Best GWAS P=2.21e-17 conditioned to 0.0696

Associated models

#	Study	Tissue	Gene	h2	eQTL R2	model	# weights	model R2	model R2 P	eQTL GWAS Z	TWAS Z	TWAS P	Top SNP corr	PP3	PP4	joint
80	The Cancer Genome Atlas	Thyroid Carcinoma	SYPL2	0.07	0.04	blup	45	0.03	4.9e-04	-8.0	8.5	1.3e-17	-0.90	0.03	0.96	TRUE
22	GTEx	Liver	SYPL2	0.34	0.27	lasso	5	0.30	4.6e-09	-8.1	-8.5	2.8e-17	0.90	0.03	0.96	FALSE
39	GTEx	Testis	SYPL2	0.45	0.50	enet	22	0.54	5.0e-28	-8.3	8.4	3.0e-17	-0.99	0.03	0.97	FALSE
40	GTEx	Testis	ATXN7L2	0.28	0.34	lasso	4	0.33	3.7e-15	-8.5	8.4	3.6e-17	-1.00	0.02	0.98	FALSE
31	GTEx	Ovary	SYPL2	0.39	0.44	lasso	5	0.46	8.8e-13	-8.3	8.4	6.0e-17	-0.98	0.03	0.97	FALSE
56	The Cancer Genome Atlas	Head and Neck Squamous Cell Carcinoma	SYPL2	0.03	0.05	lasso	4	0.05	6.6e-06	-8.3	-8.4	6.1e-17	1.00	0.01	0.99	FALSE
67	The Cancer Genome Atlas	Ovarian Serous Cystadenocarcinoma	MYBPHL	0.16	0.18	enet	10	0.17	2.3e-11	-8.3	-8.3	6.8e-17	0.97	0.01	0.99	FALSE
45	NTR	Blood	SORT1	0.05	0.06	lasso	6	0.06	2.1e-17	-8.3	-8.3	8.2e-17	0.97	0.02	0.98	FALSE
32	GTEx	Ovary	ATXN7L2	0.18	0.18	enet	17	0.13	5.6e-04	-8.3	8.3	1.1e-16	-0.98	0.03	0.93	FALSE
28	GTEx	Muscle Skeletal	CYB561D1	0.07	0.00	lasso	3	0.00	7.2e-01	-8.3	8.2	1.8e-16	-0.98	0.02	0.92	FALSE
79	The Cancer Genome Atlas	Thyroid Carcinoma	ATXN7L2	0.06	0.06	lasso	3	0.05	6.6e-06	-8.0	8.2	2.5e-16	-0.96	0.03	0.97	FALSE
10	GTEx	Brain Cerebellum	SYPL2	0.16	0.02	enet	9	0.03	5.1e-02	-8.0	-8.2	3.0e-16	0.94	0.04	0.88	FALSE
9	GTEx	Brain Cerebellar Hemisphere	ATXN7L2	0.24	-0.01	enet	9	-0.01	5.3e-01	-4.2	-8.1	8.3e-16	0.64	0.04	0.33	FALSE
70	The Cancer Genome Atlas	Prostate Adenocarcinoma	SYPL2	0.08	0.08	blup	44	0.10	1.9e-10	-8.0	-7.9	3.9e-15	0.93	0.07	0.93	FALSE
36	GTEx	Stomach	SYPL2	0.23	0.18	lasso	8	0.21	2.3e-10	-8.1	-7.8	4.2e-15	0.91	0.03	0.97	FALSE
23	GTEx	Liver	ATXN7L2	0.39	0.04	lasso	12	0.21	1.3e-06	-8.0	-7.6	3.6e-14	0.72	0.04	0.89	FALSE
61	The Cancer Genome Atlas	Liver Hepatocellular Carcinoma	SYPL2	0.18	0.19	blup	45	0.18	4.7e-09	-8.5	-7.6	3.6e-14	0.96	0.01	0.99	FALSE
8	GTEx	Brain Cerebellar Hemisphere	SYPL2	0.28	0.04	lasso	5	0.09	2.7e-03	-8.1	-7.5	7.4e-14	0.91	0.06	0.89	FALSE
48	The Cancer Genome Atlas	Bladder Urothelial Carcinoma	AMIGO1	0.10	0.14	enet	10	0.11	2.8e-09	-5.8	-7.5	7.7e-14	0.58	1.00	0.00	FALSE
77	The Cancer Genome Atlas	Testicular Germ Cell Tumors	AMIGO1	0.14	0.14	blup	46	0.14	1.1e-05	-5.7	-7.4	1.1e-13	0.60	0.40	0.34	FALSE
53	The Cancer Genome Atlas	Esophageal Carcinoma	AMIGO1	0.24	0.08	blup	46	0.18	3.0e-06	-5.4	-7.3	2.4e-13	0.58	0.07	0.45	FALSE
43	GTEx	Uterus	SYPL2	0.29	0.13	lasso	7	0.04	5.1e-02	-8.0	7.3	2.8e-13	-0.87	0.04	0.70	FALSE
60	The Cancer Genome Atlas	Liver Hepatocellular Carcinoma	MYBPHL	0.09	0.07	blup	46	0.06	5.7e-04	-6.1	-7.1	1.3e-12	0.78	0.01	0.77	FALSE
12	GTEx	Brain Cortex	AC000032.2	0.37	0.01	enet	17	0.13	2.1e-04	-1.8	-7.1	1.4e-12	0.39	0.09	0.14	FALSE
64	The Cancer Genome Atlas	Lung Squamous Cell Carcinoma	AMIGO1	0.13	0.13	blup	46	0.12	1.7e-13	-5.7	-7.1	1.5e-12	0.49	1.00	0.00	FALSE
75	The Cancer Genome Atlas	Stomach Adenocarcinoma	SORT1	0.04	0.01	blup	60	0.03	4.4e-03	-2.9	-7.0	2.4e-12	0.72	0.02	0.30	FALSE
11	GTEx	Brain Cortex	GSTM1	0.35	0.01	enet	16	0.12	2.8e-04	-1.8	-7.0	3.2e-12	0.36	0.09	0.13	FALSE
33	GTEx	Pancreas	SYPL2	0.28	0.23	lasso	5	0.19	2.0e-08	-6.1	-6.9	4.4e-12	0.90	0.05	0.95	FALSE
26	GTEx	Lung	AMIGO1	0.14	0.07	enet	22	0.06	3.6e-05	-5.7	-6.9	5.1e-12	0.46	0.99	0.01	FALSE
66	The Cancer Genome Atlas	Ovarian Serous Cystadenocarcinoma	AMIGO1	0.06	0.00	blup	46	0.02	9.5e-03	-4.3	-6.9	5.7e-12	0.70	0.01	0.74	FALSE
44	METSIM	Adipose	SYPL2	0.06	0.06	blup	418	0.05	4.3e-08	-5.9	-6.8	7.5e-12	0.81	0.30	0.70	FALSE
65	The Cancer Genome Atlas	Lung Squamous Cell Carcinoma	SYPL2	0.05	0.06	blup	45	0.06	4.4e-07	-8.3	-6.7	1.9e-11	0.92	0.02	0.98	FALSE
50	The Cancer Genome Atlas	Breast Invasive Carcinoma	SYPL2	0.06	0.07	blup	45	0.08	8.5e-16	-8.0	-6.7	2.0e-11	0.88	0.08	0.92	FALSE
21	GTEx	Esophagus Muscularis	SYPL2	0.32	0.23	lasso	10	0.37	6.8e-24	-8.3	-6.7	2.1e-11	0.80	0.03	0.97	FALSE
63	The Cancer Genome Atlas	Lung Adenocarcinoma	SYPL2	0.09	0.14	enet	13	0.14	1.3e-16	-8.0	-6.7	2.8e-11	0.90	0.09	0.91	FALSE
57	The Cancer Genome Atlas	Kidney Renal Papillary Cell Carcinoma	SYPL2	0.04	0.04	blup	45	0.04	3.6e-03	-8.0	6.6	3.0e-11	-0.90	0.02	0.55	FALSE
17	GTEx	Colon Sigmoid	SYPL2	0.15	0.06	enet	16	0.06	5.2e-03	-6.1	-6.6	4.6e-11	0.77	0.10	0.79	FALSE
76	The Cancer Genome Atlas	Stomach Adenocarcinoma	SYPL2	0.05	0.02	blup	45	0.03	2.6e-03	-8.0	-6.5	7.0e-11	0.89	0.02	0.80	FALSE
62	The Cancer Genome Atlas	Lung Adenocarcinoma	AMIGO1	0.10	0.14	enet	10	0.12	2.0e-13	-5.7	-6.5	8.3e-11	0.47	1.00	0.00	FALSE
24	GTEx	Liver	AMIGO1	0.28	0.13	lasso	7	0.15	6.9e-05	-5.7	-6.5	8.8e-11	0.51	0.22	0.24	FALSE
25	GTEx	Lung	SYPL2	0.24	0.20	enet	16	0.28	1.6e-21	-6.1	-6.4	1.4e-10	0.85	0.33	0.67	FALSE
68	The Cancer Genome Atlas	Pancreatic Adenocarcinoma	AMIGO1	0.20	0.24	enet	7	0.16	2.3e-07	-5.7	-6.3	3.1e-10	0.44	0.98	0.02	FALSE
55	The Cancer Genome Atlas	Head and Neck Squamous Cell Carcinoma	AMIGO1	0.17	0.20	enet	9	0.18	2.1e-19	-5.7	-6.3	3.5e-10	0.42	1.00	0.00	FALSE
16	GTEx	Cells Transformed fibroblasts	AMIGO1	0.39	0.38	enet	22	0.43	1.7e-34	-5.7	-6.2	6.0e-10	0.41	1.00	0.00	FALSE
38	GTEx	Testis	SORT1	0.25	0.17	lasso	6	0.17	5.2e-08	-6.1	-6.0	1.5e-09	0.83	0.10	0.90	FALSE
18	GTEx	Esophagus Gastroesophageal Junction	SYPL2	0.29	0.14	enet	21	0.18	3.0e-07	-8.0	-6.0	1.6e-09	0.82	0.06	0.93	FALSE
78	The Cancer Genome Atlas	Thyroid Carcinoma	AMIGO1	0.14	0.16	enet	6	0.16	1.7e-15	-5.7	-6.0	1.6e-09	0.41	1.00	0.00	FALSE
19	GTEx	Esophagus Mucosa	SYPL2	0.10	0.00	enet	26	0.03	4.5e-03	-8.1	-6.0	1.9e-09	0.78	0.06	0.85	FALSE
27	GTEx	Muscle Skeletal	SYPL2	0.20	0.21	lasso	2	0.21	1.5e-20	-5.9	-6.0	2.2e-09	0.79	1.00	0.00	FALSE
35	GTEx	Skin Sun Exposed Lower leg	AMIGO1	0.39	0.36	enet	26	0.40	1.0e-35	-5.7	-6.0	2.2e-09	0.40	1.00	0.00	FALSE
15	GTEx	Cells Transformed fibroblasts	PSMA5	0.12	0.02	lasso	5	0.01	3.4e-02	-3.0	6.0	2.5e-09	-0.47	0.05	0.63	FALSE
7	GTEx	Brain Caudate basal ganglia	AMIGO1	0.17	0.00	enet	10	0.00	4.4e-01	6.9	-5.9	2.8e-09	0.57	0.08	0.17	FALSE
37	GTEx	Stomach	AMIGO1	0.15	0.07	lasso	3	0.06	8.1e-04	-5.7	-5.9	4.2e-09	0.49	0.29	0.47	FALSE
34	GTEx	Skin Not Sun Exposed Suprapubic	AMIGO1	0.43	0.36	lasso	6	0.33	7.7e-19	-5.7	-5.8	4.8e-09	0.41	1.00	0.00	FALSE
41	GTEx	Thyroid	ATXN7L2	0.15	0.15	lasso	6	0.15	1.0e-11	-5.9	5.8	5.1e-09	-0.78	0.82	0.18	FALSE
20	GTEx	Esophagus Mucosa	AMIGO1	0.43	0.38	enet	39	0.39	2.0e-27	-5.7	-5.8	5.9e-09	0.41	1.00	0.00	FALSE
73	The Cancer Genome Atlas	Stomach Adenocarcinoma	AMIGO1	0.28	0.24	enet	16	0.22	4.0e-16	-5.7	-5.8	6.5e-09	0.39	1.00	0.00	FALSE
30	GTEx	Nerve Tibial	AMIGO1	0.36	0.33	lasso	6	0.33	4.4e-24	-5.7	-5.8	6.7e-09	0.37	1.00	0.00	FALSE
3	GTEx	Artery Coronary	AMIGO1	0.20	0.20	lasso	6	0.16	6.3e-06	-5.7	-5.8	7.7e-09	0.39	0.63	0.04	FALSE
14	GTEx	Breast Mammary Tissue (Female)	AMIGO1	0.17	0.14	lasso	2	0.09	1.3e-03	-5.8	-5.8	8.3e-09	0.38	0.21	0.06	FALSE
72	The Cancer Genome Atlas	Soft Tissue Sarcoma	AMIGO1	0.12	0.14	enet	7	0.13	2.5e-08	-5.7	-5.8	8.7e-09	0.37	1.00	0.00	FALSE
59	The Cancer Genome Atlas	Liver Hepatocellular Carcinoma	AMIGO1	0.24	0.17	lasso	7	0.16	3.8e-08	-5.7	-5.7	9.3e-09	0.38	0.99	0.00	FALSE
52	The Cancer Genome Atlas	Colon Adenocarcinoma	AMIGO1	0.21	0.14	lasso	9	0.14	2.4e-08	-5.7	-5.7	9.5e-09	0.32	1.00	0.00	FALSE
71	The Cancer Genome Atlas	Rectum Adenocarcinoma	AMIGO1	0.27	0.21	lasso	1	0.19	2.5e-05	-5.7	-5.7	1.0e-08	0.38	0.08	0.18	FALSE
2	GTEx	Adipose Visceral Omentum	AMIGO1	0.25	0.21	lasso	3	0.19	5.7e-10	-5.7	-5.7	1.4e-08	0.38	1.00	0.00	FALSE
13	GTEx	Breast Mammary Tissue	AMIGO1	0.24	0.21	lasso	2	0.21	6.1e-11	-5.7	-5.6	1.7e-08	0.35	1.00	0.00	FALSE
1	GTEx	Adipose Subcutaneous	AMIGO1	0.36	0.31	enet	31	0.32	8.5e-27	-5.7	-5.6	1.8e-08	0.39	1.00	0.00	FALSE
6	GTEx	Artery Tibial	AMIGO1	0.13	0.09	lasso	2	0.08	5.1e-07	-5.7	-5.6	1.8e-08	0.35	0.98	0.00	FALSE
58	The Cancer Genome Atlas	Brain Lower Grade Glioma	AMIGO1	0.19	0.24	lasso	4	0.23	9.3e-26	-5.8	-5.6	2.1e-08	0.33	1.00	0.00	FALSE
42	GTEx	Thyroid	AMIGO1	0.22	0.23	lasso	4	0.24	2.3e-18	-5.8	-5.6	2.4e-08	0.37	1.00	0.00	FALSE
51	The Cancer Genome Atlas	Cervical Squamous Cell Carcinoma	AMIGO1	0.20	0.17	lasso	2	0.17	1.1e-08	-5.4	-5.5	3.1e-08	0.31	0.96	0.01	FALSE
74	The Cancer Genome Atlas	Stomach Adenocarcinoma	CELSR2	0.08	0.00	blup	62	0.02	8.1e-03	-8.3	-5.5	3.4e-08	0.59	0.01	0.42	FALSE
29	GTEx	Muscle Skeletal	AMIGO1	0.16	0.09	lasso	9	0.08	5.7e-08	-5.8	-5.5	3.6e-08	0.32	1.00	0.00	FALSE
5	GTEx	Artery Tibial	ATXN7L2	0.23	0.03	enet	12	0.11	9.1e-09	1.9	-5.4	6.8e-08	0.48	0.56	0.23	FALSE
46	ROSMAP	Brain Pre-frontal Cortex	SYPL2	0.03	0.01	lasso	3	0.01	9.8e-03	-5.9	-5.3	1.2e-07	0.68	0.07	0.64	FALSE
49	The Cancer Genome Atlas	Breast Invasive Carcinoma	AMIGO1	0.16	0.19	enet	21	0.19	3.0e-37	-5.7	-5.3	1.4e-07	0.32	1.00	0.00	FALSE
47	ROSMAP	Brain Pre-frontal Cortex	ATXN7L2	0.07	0.06	enet	12	0.09	5.6e-12	-8.0	5.2	1.9e-07	-0.71	0.16	0.84	FALSE
54	The Cancer Genome Atlas	Glioblastoma Multiforme	AMIGO1	0.20	0.05	lasso	7	0.07	3.1e-03	-4.2	-5.2	1.9e-07	0.54	0.02	0.65	FALSE
69	The Cancer Genome Atlas	Prostate Adenocarcinoma	AMIGO1	0.09	0.07	enet	10	0.07	1.2e-07	-5.7	-5.2	2.3e-07	0.26	1.00	0.00	FALSE
4	GTEx	Artery Tibial	SYPL2	0.30	0.22	lasso	6	0.30	3.7e-24	1.9	-5.1	2.8e-07	0.64	0.95	0.05	FALSE