[Hub]/) : Traits : Impedance of leg (right) :

chr1:109,154,974-110,931,112

Best TWAS P=1.34e-17 · Best GWAS P=2.21e-17 conditioned to 0.0696

Associated models

# Study Tissue Gene h2 eQTL R2 model # weights model R2 model R2 P eQTL GWAS Z TWAS Z TWAS P Top SNP corr PP3 PP4 joint
1 GTEx Adipose Subcutaneous AMIGO1 0.36 0.31 enet 31 0.32 8.5e-27 -5.7 -5.6 1.8e-08 0.39 1.00 0.00 FALSE
2 GTEx Adipose Visceral Omentum AMIGO1 0.25 0.21 lasso 3 0.19 5.7e-10 -5.7 -5.7 1.4e-08 0.38 1.00 0.00 FALSE
3 GTEx Artery Coronary AMIGO1 0.20 0.20 lasso 6 0.16 6.3e-06 -5.7 -5.8 7.7e-09 0.39 0.63 0.04 FALSE
4 GTEx Artery Tibial SYPL2 0.30 0.22 lasso 6 0.30 3.7e-24 1.9 -5.1 2.8e-07 0.64 0.95 0.05 FALSE
5 GTEx Artery Tibial ATXN7L2 0.23 0.03 enet 12 0.11 9.1e-09 1.9 -5.4 6.8e-08 0.48 0.56 0.23 FALSE
6 GTEx Artery Tibial AMIGO1 0.13 0.09 lasso 2 0.08 5.1e-07 -5.7 -5.6 1.8e-08 0.35 0.98 0.00 FALSE
7 GTEx Brain Caudate basal ganglia AMIGO1 0.17 0.00 enet 10 0.00 4.4e-01 6.9 -5.9 2.8e-09 0.57 0.08 0.17 FALSE
8 GTEx Brain Cerebellar Hemisphere SYPL2 0.28 0.04 lasso 5 0.09 2.7e-03 -8.1 -7.5 7.4e-14 0.91 0.06 0.89 FALSE
9 GTEx Brain Cerebellar Hemisphere ATXN7L2 0.24 -0.01 enet 9 -0.01 5.3e-01 -4.2 -8.1 8.3e-16 0.64 0.04 0.33 FALSE
10 GTEx Brain Cerebellum SYPL2 0.16 0.02 enet 9 0.03 5.1e-02 -8.0 -8.2 3.0e-16 0.94 0.04 0.88 FALSE
11 GTEx Brain Cortex GSTM1 0.35 0.01 enet 16 0.12 2.8e-04 -1.8 -7.0 3.2e-12 0.36 0.09 0.13 FALSE
12 GTEx Brain Cortex AC000032.2 0.37 0.01 enet 17 0.13 2.1e-04 -1.8 -7.1 1.4e-12 0.39 0.09 0.14 FALSE
13 GTEx Breast Mammary Tissue AMIGO1 0.24 0.21 lasso 2 0.21 6.1e-11 -5.7 -5.6 1.7e-08 0.35 1.00 0.00 FALSE
14 GTEx Breast Mammary Tissue (Female) AMIGO1 0.17 0.14 lasso 2 0.09 1.3e-03 -5.8 -5.8 8.3e-09 0.38 0.21 0.06 FALSE
15 GTEx Cells Transformed fibroblasts PSMA5 0.12 0.02 lasso 5 0.01 3.4e-02 -3.0 6.0 2.5e-09 -0.47 0.05 0.63 FALSE
16 GTEx Cells Transformed fibroblasts AMIGO1 0.39 0.38 enet 22 0.43 1.7e-34 -5.7 -6.2 6.0e-10 0.41 1.00 0.00 FALSE
17 GTEx Colon Sigmoid SYPL2 0.15 0.06 enet 16 0.06 5.2e-03 -6.1 -6.6 4.6e-11 0.77 0.10 0.79 FALSE
18 GTEx Esophagus Gastroesophageal Junction SYPL2 0.29 0.14 enet 21 0.18 3.0e-07 -8.0 -6.0 1.6e-09 0.82 0.06 0.93 FALSE
19 GTEx Esophagus Mucosa SYPL2 0.10 0.00 enet 26 0.03 4.5e-03 -8.1 -6.0 1.9e-09 0.78 0.06 0.85 FALSE
20 GTEx Esophagus Mucosa AMIGO1 0.43 0.38 enet 39 0.39 2.0e-27 -5.7 -5.8 5.9e-09 0.41 1.00 0.00 FALSE
21 GTEx Esophagus Muscularis SYPL2 0.32 0.23 lasso 10 0.37 6.8e-24 -8.3 -6.7 2.1e-11 0.80 0.03 0.97 FALSE
22 GTEx Liver SYPL2 0.34 0.27 lasso 5 0.30 4.6e-09 -8.1 -8.5 2.8e-17 0.90 0.03 0.96 FALSE
23 GTEx Liver ATXN7L2 0.39 0.04 lasso 12 0.21 1.3e-06 -8.0 -7.6 3.6e-14 0.72 0.04 0.89 FALSE
24 GTEx Liver AMIGO1 0.28 0.13 lasso 7 0.15 6.9e-05 -5.7 -6.5 8.8e-11 0.51 0.22 0.24 FALSE
25 GTEx Lung SYPL2 0.24 0.20 enet 16 0.28 1.6e-21 -6.1 -6.4 1.4e-10 0.85 0.33 0.67 FALSE
26 GTEx Lung AMIGO1 0.14 0.07 enet 22 0.06 3.6e-05 -5.7 -6.9 5.1e-12 0.46 0.99 0.01 FALSE
27 GTEx Muscle Skeletal SYPL2 0.20 0.21 lasso 2 0.21 1.5e-20 -5.9 -6.0 2.2e-09 0.79 1.00 0.00 FALSE
28 GTEx Muscle Skeletal CYB561D1 0.07 0.00 lasso 3 0.00 7.2e-01 -8.3 8.2 1.8e-16 -0.98 0.02 0.92 FALSE
29 GTEx Muscle Skeletal AMIGO1 0.16 0.09 lasso 9 0.08 5.7e-08 -5.8 -5.5 3.6e-08 0.32 1.00 0.00 FALSE
30 GTEx Nerve Tibial AMIGO1 0.36 0.33 lasso 6 0.33 4.4e-24 -5.7 -5.8 6.7e-09 0.37 1.00 0.00 FALSE
31 GTEx Ovary SYPL2 0.39 0.44 lasso 5 0.46 8.8e-13 -8.3 8.4 6.0e-17 -0.98 0.03 0.97 FALSE
32 GTEx Ovary ATXN7L2 0.18 0.18 enet 17 0.13 5.6e-04 -8.3 8.3 1.1e-16 -0.98 0.03 0.93 FALSE
33 GTEx Pancreas SYPL2 0.28 0.23 lasso 5 0.19 2.0e-08 -6.1 -6.9 4.4e-12 0.90 0.05 0.95 FALSE
34 GTEx Skin Not Sun Exposed Suprapubic AMIGO1 0.43 0.36 lasso 6 0.33 7.7e-19 -5.7 -5.8 4.8e-09 0.41 1.00 0.00 FALSE
35 GTEx Skin Sun Exposed Lower leg AMIGO1 0.39 0.36 enet 26 0.40 1.0e-35 -5.7 -6.0 2.2e-09 0.40 1.00 0.00 FALSE
36 GTEx Stomach SYPL2 0.23 0.18 lasso 8 0.21 2.3e-10 -8.1 -7.8 4.2e-15 0.91 0.03 0.97 FALSE
37 GTEx Stomach AMIGO1 0.15 0.07 lasso 3 0.06 8.1e-04 -5.7 -5.9 4.2e-09 0.49 0.29 0.47 FALSE
38 GTEx Testis SORT1 0.25 0.17 lasso 6 0.17 5.2e-08 -6.1 -6.0 1.5e-09 0.83 0.10 0.90 FALSE
39 GTEx Testis SYPL2 0.45 0.50 enet 22 0.54 5.0e-28 -8.3 8.4 3.0e-17 -0.99 0.03 0.97 FALSE
40 GTEx Testis ATXN7L2 0.28 0.34 lasso 4 0.33 3.7e-15 -8.5 8.4 3.6e-17 -1.00 0.02 0.98 FALSE
41 GTEx Thyroid ATXN7L2 0.15 0.15 lasso 6 0.15 1.0e-11 -5.9 5.8 5.1e-09 -0.78 0.82 0.18 FALSE
42 GTEx Thyroid AMIGO1 0.22 0.23 lasso 4 0.24 2.3e-18 -5.8 -5.6 2.4e-08 0.37 1.00 0.00 FALSE
43 GTEx Uterus SYPL2 0.29 0.13 lasso 7 0.04 5.1e-02 -8.0 7.3 2.8e-13 -0.87 0.04 0.70 FALSE
44 METSIM Adipose SYPL2 0.06 0.06 blup 418 0.05 4.3e-08 -5.9 -6.8 7.5e-12 0.81 0.30 0.70 FALSE
45 NTR Blood SORT1 0.05 0.06 lasso 6 0.06 2.1e-17 -8.3 -8.3 8.2e-17 0.97 0.02 0.98 FALSE
46 ROSMAP Brain Pre-frontal Cortex SYPL2 0.03 0.01 lasso 3 0.01 9.8e-03 -5.9 -5.3 1.2e-07 0.68 0.07 0.64 FALSE
47 ROSMAP Brain Pre-frontal Cortex ATXN7L2 0.07 0.06 enet 12 0.09 5.6e-12 -8.0 5.2 1.9e-07 -0.71 0.16 0.84 FALSE
48 The Cancer Genome Atlas Bladder Urothelial Carcinoma AMIGO1 0.10 0.14 enet 10 0.11 2.8e-09 -5.8 -7.5 7.7e-14 0.58 1.00 0.00 FALSE
49 The Cancer Genome Atlas Breast Invasive Carcinoma AMIGO1 0.16 0.19 enet 21 0.19 3.0e-37 -5.7 -5.3 1.4e-07 0.32 1.00 0.00 FALSE
50 The Cancer Genome Atlas Breast Invasive Carcinoma SYPL2 0.06 0.07 blup 45 0.08 8.5e-16 -8.0 -6.7 2.0e-11 0.88 0.08 0.92 FALSE
51 The Cancer Genome Atlas Cervical Squamous Cell Carcinoma AMIGO1 0.20 0.17 lasso 2 0.17 1.1e-08 -5.4 -5.5 3.1e-08 0.31 0.96 0.01 FALSE
52 The Cancer Genome Atlas Colon Adenocarcinoma AMIGO1 0.21 0.14 lasso 9 0.14 2.4e-08 -5.7 -5.7 9.5e-09 0.32 1.00 0.00 FALSE
53 The Cancer Genome Atlas Esophageal Carcinoma AMIGO1 0.24 0.08 blup 46 0.18 3.0e-06 -5.4 -7.3 2.4e-13 0.58 0.07 0.45 FALSE
54 The Cancer Genome Atlas Glioblastoma Multiforme AMIGO1 0.20 0.05 lasso 7 0.07 3.1e-03 -4.2 -5.2 1.9e-07 0.54 0.02 0.65 FALSE
55 The Cancer Genome Atlas Head and Neck Squamous Cell Carcinoma AMIGO1 0.17 0.20 enet 9 0.18 2.1e-19 -5.7 -6.3 3.5e-10 0.42 1.00 0.00 FALSE
56 The Cancer Genome Atlas Head and Neck Squamous Cell Carcinoma SYPL2 0.03 0.05 lasso 4 0.05 6.6e-06 -8.3 -8.4 6.1e-17 1.00 0.01 0.99 FALSE
57 The Cancer Genome Atlas Kidney Renal Papillary Cell Carcinoma SYPL2 0.04 0.04 blup 45 0.04 3.6e-03 -8.0 6.6 3.0e-11 -0.90 0.02 0.55 FALSE
58 The Cancer Genome Atlas Brain Lower Grade Glioma AMIGO1 0.19 0.24 lasso 4 0.23 9.3e-26 -5.8 -5.6 2.1e-08 0.33 1.00 0.00 FALSE
59 The Cancer Genome Atlas Liver Hepatocellular Carcinoma AMIGO1 0.24 0.17 lasso 7 0.16 3.8e-08 -5.7 -5.7 9.3e-09 0.38 0.99 0.00 FALSE
60 The Cancer Genome Atlas Liver Hepatocellular Carcinoma MYBPHL 0.09 0.07 blup 46 0.06 5.7e-04 -6.1 -7.1 1.3e-12 0.78 0.01 0.77 FALSE
61 The Cancer Genome Atlas Liver Hepatocellular Carcinoma SYPL2 0.18 0.19 blup 45 0.18 4.7e-09 -8.5 -7.6 3.6e-14 0.96 0.01 0.99 FALSE
62 The Cancer Genome Atlas Lung Adenocarcinoma AMIGO1 0.10 0.14 enet 10 0.12 2.0e-13 -5.7 -6.5 8.3e-11 0.47 1.00 0.00 FALSE
63 The Cancer Genome Atlas Lung Adenocarcinoma SYPL2 0.09 0.14 enet 13 0.14 1.3e-16 -8.0 -6.7 2.8e-11 0.90 0.09 0.91 FALSE
64 The Cancer Genome Atlas Lung Squamous Cell Carcinoma AMIGO1 0.13 0.13 blup 46 0.12 1.7e-13 -5.7 -7.1 1.5e-12 0.49 1.00 0.00 FALSE
65 The Cancer Genome Atlas Lung Squamous Cell Carcinoma SYPL2 0.05 0.06 blup 45 0.06 4.4e-07 -8.3 -6.7 1.9e-11 0.92 0.02 0.98 FALSE
66 The Cancer Genome Atlas Ovarian Serous Cystadenocarcinoma AMIGO1 0.06 0.00 blup 46 0.02 9.5e-03 -4.3 -6.9 5.7e-12 0.70 0.01 0.74 FALSE
67 The Cancer Genome Atlas Ovarian Serous Cystadenocarcinoma MYBPHL 0.16 0.18 enet 10 0.17 2.3e-11 -8.3 -8.3 6.8e-17 0.97 0.01 0.99 FALSE
68 The Cancer Genome Atlas Pancreatic Adenocarcinoma AMIGO1 0.20 0.24 enet 7 0.16 2.3e-07 -5.7 -6.3 3.1e-10 0.44 0.98 0.02 FALSE
69 The Cancer Genome Atlas Prostate Adenocarcinoma AMIGO1 0.09 0.07 enet 10 0.07 1.2e-07 -5.7 -5.2 2.3e-07 0.26 1.00 0.00 FALSE
70 The Cancer Genome Atlas Prostate Adenocarcinoma SYPL2 0.08 0.08 blup 44 0.10 1.9e-10 -8.0 -7.9 3.9e-15 0.93 0.07 0.93 FALSE
71 The Cancer Genome Atlas Rectum Adenocarcinoma AMIGO1 0.27 0.21 lasso 1 0.19 2.5e-05 -5.7 -5.7 1.0e-08 0.38 0.08 0.18 FALSE
72 The Cancer Genome Atlas Soft Tissue Sarcoma AMIGO1 0.12 0.14 enet 7 0.13 2.5e-08 -5.7 -5.8 8.7e-09 0.37 1.00 0.00 FALSE
73 The Cancer Genome Atlas Stomach Adenocarcinoma AMIGO1 0.28 0.24 enet 16 0.22 4.0e-16 -5.7 -5.8 6.5e-09 0.39 1.00 0.00 FALSE
74 The Cancer Genome Atlas Stomach Adenocarcinoma CELSR2 0.08 0.00 blup 62 0.02 8.1e-03 -8.3 -5.5 3.4e-08 0.59 0.01 0.42 FALSE
75 The Cancer Genome Atlas Stomach Adenocarcinoma SORT1 0.04 0.01 blup 60 0.03 4.4e-03 -2.9 -7.0 2.4e-12 0.72 0.02 0.30 FALSE
76 The Cancer Genome Atlas Stomach Adenocarcinoma SYPL2 0.05 0.02 blup 45 0.03 2.6e-03 -8.0 -6.5 7.0e-11 0.89 0.02 0.80 FALSE
77 The Cancer Genome Atlas Testicular Germ Cell Tumors AMIGO1 0.14 0.14 blup 46 0.14 1.1e-05 -5.7 -7.4 1.1e-13 0.60 0.40 0.34 FALSE
78 The Cancer Genome Atlas Thyroid Carcinoma AMIGO1 0.14 0.16 enet 6 0.16 1.7e-15 -5.7 -6.0 1.6e-09 0.41 1.00 0.00 FALSE
79 The Cancer Genome Atlas Thyroid Carcinoma ATXN7L2 0.06 0.06 lasso 3 0.05 6.6e-06 -8.0 8.2 2.5e-16 -0.96 0.03 0.97 FALSE
80 The Cancer Genome Atlas Thyroid Carcinoma SYPL2 0.07 0.04 blup 45 0.03 4.9e-04 -8.0 8.5 1.3e-17 -0.90 0.03 0.96 TRUE